La casona del Jardín Botánico fue construida en 1881. Había sido proyectada años antes por el ingeniero militar de origen polaco Jordan Wysocki, convocado por Domingo Faustino Sarmiento, para materializar un gran parque urbano.
En sus cuatro esquinas tiene pequeños torreones que le dan al edificio un aspecto de castillo inglés, revestido en su exterior de ladrillos. En su diseño original, contaba en la planta baja con amplias salas de trabajo, mientras que en el nivel superior se disponían habitaciones conectadas entre sí por grandes arcos, lo que permitía integrar los espacios y adaptarlos a distintas funciones.
A lo largo de su historia, el edificio tuvo diversos usos vinculados a la gestión pública y a la vida cultural de la Ciudad. Hasta 1894 funcionó como sede del Departamento Nacional de Agricultura y, durante los dos años siguientes, fue sede del Museo Histórico Nacional.
Al cierre del siglo XIX pasó a ser sede de la Dirección de Paseos y durante la gestión de Carlos Thays -el paisajista que impulsó la transformación del sistema de parques porteños-, fue habitado por su familia. El 7 de septiembre de 1898, el público accedió por primera vez al Botánico. Actualmente, la casona es sede de la Administración del jardín.